Le transport de filaments flexibles dans des milieux confinés ou en présence de fluides complexes est important pour leur intérêt académique , mais aussi pour sa pertinence dans une grande variété de phénomènes naturels et d'applications industrielles à des échelles très differentes. Dans un contexte biologique ces processus interviennent dans des dispositifs microfluidiques utilisés pour la filtration ou la séparation dans des applications biomédicales. L'utilisation de fibres optiques pour la surveillance in situ de la pression et de la température dans les puits en récupération thermique est un autre exemple d'application important. Notre travail porte sur l'étude de ces phénomènes de transport dans des configurations expérimentales bien contrôlées. Nous présenterons en particulier des résultats sur le transport des fibres flexibles dans les fractures rugueuses modèle, sur la déformation d'un filament en présence d' un obstacle simple et sur les instabilités oscillatoires d'une fibre perpendiculaire à l'écoulement et fortement confinée (diamètre de la fibre non négligeable devant l'ouverture de la fracture).