Les mécanismes de la motilité bactérienne et du chimiotactisme sont maintenant assez bien connus au niveau de la cellule unique, en revanche le comportement d'une population entière de cellules pose encore certaines questions fondamentales. L'étude d'une population cellulaire dans les gradients de température ou d'oxygène montre que les bactéries sont capables de présenter un comportement collectif et de changer leur motilité pour s'auto assembler et former des motifs réguliers. De la même manière, lorsqu'on observe la morphogenèse d'un biofilm bactérien, nous détectons certains types d'auto assemblages de cellules très tôt au cours du développement du biofilm. Nous soupçonnons ainsi l'existence d'effets collectifs dans le volume du milieu de croissance, bien avant l'apparition d'une pellicule. Ces assemblages peuvent jouer un rôle important notamment en conditionnant le développement du biofilm ainsi que sa structure et ses propriétés mécaniques.